vasplib:POSCAR 之前在程序使用的过程中，主要的报错都来自于输入文件，可见这部分代码需要重构，增添错误信息，并且最好有个清晰的说明
POSCAR input
POSCAR 的格式，官网介绍的非常清楚。
Graphene
在POSCAR的基础格式上，为了引入轨道的信息，我们需要加入额外的轨道的信息，以石墨烯为例，主要有 $p_z$ 轨道构成，则POSCAR应该在每条轨道后面添上补充的轨道信息
graphene
1.0
2.4560000896 0.0000000000 0.0000000000
-1.2280000448 2.1269584693 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 20.0000000000
C
2
Direct
Autofill
再遇到一些大体系的POSCAR，这样一个一个添加 有些麻烦，之前可以用vi块输入的方式解决，现在我们提供更加方便的办法，以21.78TBG为例
‘POSCAR_21.78’
1.0
6.5307998657 0.0000000000 0.0000000000
-3.2653999329 5.6558385907 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 23.0000000000
C
28
Direct
0.8095700130000003 0.0476298940000001 0.4271699660000000 C p z
0.9523701059999999 0.7619401190000001 0.4271699660000000 C p z
0.2380598809999998 0.1904299869999997 0.4271699660000000 C p z
0.1904299869999997 0.9523701059999999 0.4271699660000000 C p z
0.0476298940000001 0.2380598809999998 0.4271699660000000 C p z
0.7619401190000002 0.8095700130000003 0.4271699660000000 C p z
0.0476298940000000 0.8095700130000003 0.5728300340000000 C p z
0.7619401190000002 0.9523701059999999 0.5728300340000000 C p z
0.1904299869999997 0.2380598809999998 0.5728300340000000 C p z
0.9523701059999999 0.1904299869999997 0.5728300340000000 C p z
0.2380598809999998 0.0476298940000001 0.5728300340000000 C p z
0.8095700130000003 0.7619401190000001 0.5728300340000000 C p z
0.6190698610000003 0.0952398940000000 0.4271699660000000 C p z
0.9047601059999999 0.5238299670000002 0.4271699660000000 C p z
0.4761700329999998 0.3809301389999998 0.4271699660000000 C p z
0.3809301389999997 0.9047601060000000 0.4271699660000000 C p z
0.0952398940000000 0.4761700329999998 0.4271699660000000 C p z
0.5238299670000002 0.6190698610000002 0.4271699660000000 C p z
0.0952398939999999 0.6190698610000002 0.5728300340000000 C p z
0.5238299670000003 0.9047601060000000 0.5728300340000000 C p z
0.3809301389999998 0.4761700329999998 0.5728300340000000 C p z
0.9047601060000000 0.3809301389999998 0.5728300340000000 C p z
0.4761700329999997 0.0952398940000000 0.5728300340000000 C p z
0.6190698610000003 0.5238299670000002 0.5728300340000000 C p z
0.6666666666666667 0.3333333333333334 0.4271699660000000 C p z
0.3333333333333333 0.6666666666666665 0.4271699660000000 C p z
0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.5728300340000000 C p z
0.6666666666666667 0.3333333333333334 0.5728300340000000 C p z
POSCAR
1.0
6.5307998657 0.0000000000 0.0000000000
-3.2653999329 5.6558385907 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 23.0000000000
C
28
Direct
0.8095700130000003 0.0476298940000001 0.4271699660000000
C p z
……
format
每一行需要补充的信息是
| element | L{s,p,d,f} | basis Function {I,x,y,z,x2-y2,z2,xy,xz,yz,…} | spin {1,-1,nan} |
|---|
shortcodes for input
事实上我们可以略去 basis Function这里不写，在 L{s,p,d,f}这里填入一些短码，来加快我们轨道输入文件POSCAR的修改
- p: $p_z~p_x~p_y$
- pxy: $p_x~p_y$
- sp: $s~p_z~p_x~p_y$
- spz: $s~p_z$
- d: $d$
- sd: $sd$
- pd: $pd$
- f: $not be implemented$
spglib_matlab
小编写过一个matlab调用spglib的程序，可以让我们在读取POSCAR的同时，也获得了体系所拥有的对称性，对称操作等信息。 使用这系列的功能，需要用matlab支持的C编译器在主机上编译spglib.
element
在读取POSCAR的同时，我们也同时读取了元素周期表的基本信息作为参考，数据放在vasplib主目录 bin下面的element.txt.
symbolic
在处理六角格子的时候，我们的基矢量往往是无理数，这在理论分析与解析分析的时候会带来数值误差。
我们允许符号化的Rm与orbL, 只要POSCAR的精度达到1e-13，便可以把数值化的POSCAR读取成符号化的晶格基本信息
